En af årsagerne til at Grænsetrekanten fremtræder med et stærkt økonomisk udviklingspotentiale er et veludbygget uddannelsessystem, koblet med en stærk position inden for forskning. Regionen er således hjemsted for flere universiteter: Universität Flensburg og Syddansk Universitet i Sønderborg. I Sønderborg ligger desuden Business Academy Southwest og den lokale campus af University College Syddanmark. Sidstnævnte optager også studerende på sin anden campus i Aabenraa.
Fokusområderne for de ca. 6.500 studerende der på dansk side er i gang med en videregående uddannelse spænder lige fra de tekniske områder som mekatronik og ingeniørvidenskab til de mere handelsmæssige merkantile fag, og de sundhedsfaglige fag. Syddansk Universitet er desuden ansvarlig for driftsøkonomiske fag i Sønderborg, og har i fællesskab med Universität Flensburg udviklet et program for Europæiske studier.
Universität Flensburg og Fachhochschule Flensburg har ca. 8.400 studerende. Fagligt fokuserer de to uddannelsesinstitutioner på et bredt spektrum af faglige uddannelser lige fra pædagogik, merkantile discipliner, informatik, til mere teknisk rettede uddannelser som elektroteknik, maskinbygning, vedvarende energiteknik og logistik.
De regionale forskningsinstitutioner er den dag i dag med til at gøre en mærkbar forskel, og er gennem dialog og samarbejde med til at understøtte erhvervslivets vækst. Uddannelsesinstitutionerne yder således et betydeligt bidrag til løbende at sikre, at regionen har et potentiale af højtuddannet arbejdskraft.